Les biocides utilisés pour désinfecter l’eau peuvent avoir un impact sur la stabilité des antibiotiques, lorsqu’ils sont administrés via l’abreuvement. Le projet CABALE (financé par le plan EcoAntibio 2017), piloté par l’Anses-ANMV et le Laboratoire de Fougères avec l’Ifip (Institut de la filière porcine), l’ITAVI (Institut technique de l'aviculture) et la SNGTV (Société nationale des groupements techniques vétérinaires) a en effet montré des effets indésirables du peroxyde d’hydrogène et de l’hypochlorite de sodium sur les antibiotiques, lorsqu’ils sont utilisés pour désinfecter l’eau de boisson.

Si le peroxyde d’hydrogène à 50 ppm n’a un impact que sur l’amoxicilline, la stabilité de tous les antibiotiques testés a été affectée par l’hypochlorite de sodium (0,5 ppm de chlore actif) en eau « dure » (à l’exception des sulfamides-trimétoprime). En eau douce, la chloration n’a posé aucun problème, sauf pour la colistine après dilution au 20^e.

.Cet effet des biocides est susceptible de diminuer celui des traitements. Des résultats qui ont amené à définir certaines recommandations pratiques à l’attention des prescripteurs. Celle-ci sont consultables sur le site de l’Anses.